Izkoriščanje podtalne vode kot toplotnega vira je zelo ugodno, ker ima podtalnica skozi vse leto konstanten temperaturni nivo. Praviloma je izkoriščanje podtalnice gospodarno, če njena temperatura ni nižja od +6oC. Upoštevati moramo, da je njeno izkoriščanje tehnično zahtevnejše in povezano z večjimi investicijskimi stroški. Če želimo izkoriščati toploto podtalnice, moramo obvezno zgraditi dva vodnjaka, in sicer sesalnega, iz katerega s pomočjo potopne črpalke črpamo vodo do uparjalnika. Drugi vodnjak služi kot ponor, po katerem vračamo vodo nazaj pod površje.

Pred uporabo podtalnice moramo preveriti, ali je na področju, kjer živimo, sploh na voljo podtalni vir vode in ali ga lahko izkoriščamo; ponavadi moramo pridobiti soglasje vodnogospodarske skupnosti. Ugotoviti moramo, na kateri globini je razpoložljiva voda, kajti cena vrtine z globino močno narašča, poleg tega je priporočljivo narediti kemično analizo vode. Agresivna voda namreč zahteva posebne izmenjevalce toplote, kar lahko še dodatno podraži investicijo. Preveriti moramo tudi, v katero smer teče podtalnica, da ne bi bil ponorni vodnjak nad sesalnim in bi vračajoča voda hladila tisto, ki jo črpamo.